Kurikulum yang diterapkan di SMP & SMA Kutoarjo Islamic School pada tahun ajaran 2023/2024 adalah Kurikulum National-Plus yaitu Kurikulum Nasional akan dipadukan dengan Kurikulum Kepesantrenan.

Kebijakan Kemendikburistek terkait kurikulum nasional akan dikaji ulang pada 2024 berdasarkan evaluasi selama masa pemulihan pembelajaran.Merujuk pada kondisi dimana pandemi COVID-19 menyebabkan banyaknya kendala dalam proses pembelajaran di satuan

pendidikan yang mana memberikan dampak yang cukup signifikan. Kurikulum 2013 yang digunakan pada masa sebelum pandemi menjadi satu satunya kurikulum yang digunakan satuan pendidikan dalam pembelajaran. Pada masa pandemi 2020 sampai dengan 2021 Kemendikburistek mengeluarkan kebijakan penggunaan Kurikulum 2013 dan Kurikulum Darurat (Kur-2013 yang disederhanakan) sebagai rujukan kurikulum bagi satuan pendidikan.